En 1989, le marché du jeux vidéo est dominé par la NES de Nintendo qui s'impose surtout au Japon. 4 ans après la sortie de la Master System et une place de plus en plus importante dans le monde l'arcade, la Mega Drive sort au Japon. Première console 16 bits, révolutionnaire car reposant sur un microprocesseur Motorola 68000. Non seulement bien connu des amateurs de l’Amiga et du Commodore (2 monstres informatique de l’époque), mais surtout s’approche de celui utilisé par Sega pour ces plus grands hits d’arcade (le System 16). Sega prend une certaine avance en mettant sur le marché la console la plus puissante !

Le succès est alors immédiat et fait même de l'ombre à la PC Engine de NEC sortie quelques mois auparavant. La console sort en 1990 dans le reste du monde et prend par la même occasion le nom de Genesis aux Etats-Unis. Malgré un kit de développement assez cher, beaucoup d'éditeurs tiers développent sur cette console, ce qui n'était pas vraiment le cas pour la Master System. Sega convertit de grands hits arcades comme Shinobi, Space Harrier 2, Super Thunder Blade, Altered Beast ou Hang On pour rassembler le public le plus large possible. La Megadrive est en tête mais pour combien de temps?

Bien que Nintendo domine dans le monde des consoles portables avec sa Game Boy, les ventes de NES commencent à s'essouffler. C'est ainsi que fin 1990 au Japon puis en 1991 dans le reste du monde que sort la Super Nintendo. La console est techniquement plus puissante que la Mega Drive et Sega intensifie donc les démarches marketing pour montrer que ce n'est pas la console qui fait vendre mais les jeux ! Il manque cependant une chose à Sega pour contrer Nintendo: une mascotte représentative de la marque ! C'est ainsi qu'en 1992, le pire ennemi de Mario vient de naître et il s'appelle Sonic ! Sega crée ainsi un jeu de plateforme qui rencontre un succès planétaire grâce à une rapidité et une originalité à toute épreuve !

Cependant même si Sega fait presque jeu égal avec Nintendo en Europe et aux Etats-Unis, la console se vend mal au Japon... Sega essaie de prendre un second souffle en sortant un lecteur CD directement compatible avec la Mega Drive en 1993. Le prix beaucoup trop élevé et le faible nombre de jeux conduira ce projet à un terrible échec... Le nombre de jeux développés sur Mega Drive est de plus en plus faible contrairement à la Super Nintendo qui connaît de plus en plus de succès. En effet beaucoup d'éditeurs tiers sortent le même jeu sur les 2 consoles mais Nintendo nous sort des bombes avec des effets 3D totalement inédits ! Pour contrer Nintendo, Sega sort en 1994, l’extension 32X. Celui-ci se plaçant sur le port cartouche gonfle les capacités de la MD à l’aide de 2 coprocesseur 32 Bits Risc. On y voit ainsi arrivés des titres comme Virtua Fighter, Virtua Racing deluxe ou Knuckle Chaotix.

Mais ce n'est pas la 32X qui changera le cours de l'histoire... Sega comprendra son erreur et au lieu de nous sortir une nouvelle extension pour sa 16 Bits, il travaillera sur un projet de consoles 32 Bits nouvelle génération qui s'appellera la Saturn et sortira en 1994 au Japon.

Avec plus de 7 ans d’une formidable existence, la Mega Drive se vit, courant 1995, remplacée par la Sega Saturn. La Mega Drive s'est vendue à plus de 35 millions unités dans le monde, dont 3,6 millions au Japon.